La revista "Historia de la psicología " en su edición de 1993, publicó el artículo titulado "La recepción del pensamiento de Gómez Pereira en Europa del Barroco a la Ilustración" a cargo de Rafael Llavona Uribelarrea y Javier Bandrés Ponce. Se trata de analizar la obra del médico y filósofo medinenses en la cultura europea, desde el siglo XVI al XVII y el conocimiento de la misma por varios escritores y filósofos europeos. Pero también trata el problema del olvido de esta obra, en el que influyó las opiniones particulares de algunos autores.
La obra principal de Pereira es Antoniana Margarita, un tratado filosófico publicado en Medina del Campo en 1554. El nombre de ésta obra se debe a los padres de Pereira: Antonio y Margarita y estuvo dedicada a su maestro de la universidad de Salamanca Juan Martinez Siliceo. En éste tratado Gómez Pereira trata 3 temas: El automatismo de las Bestias, la inmortalidad del alma y la teoría del conocimiento humano. Sobre ésta obra se basa la influencia de Pereira en Europa, que los autores Llavona y Bandrés se han ocupado de estudiar. En la Antoniana Margarita, Pereira se ocupó de estudiar la existencia del alma y consideró que ello era argumento para el principio de que "Me conozco conociendo algo, todo lo que conoce existe, luego existo".
Con anterioridad a Descartes hay autores españoles como Palacios, Valles, Suárez y Arriaga. Existe un estudio anónimo "Anónimo Endecalogo" que es una sátira crítica contra la Antoniana Margarita, publicado en Medina en 1556. En el mismo, Pereira es criticado por un grupo de animales, acusándole de privarlos de los sentidos. Francisco Vallés, medico de Felipe II, comentó las ideas de Pereira en su obra Sacra Filosofía (1587), considerando que los animales son racionales aunque está sea inferior a la humana. Francisco Suárez (Universidad de Salamanca) rechaza el automatismo animal, estando a favor de las tesis de Aristóteles.
En la época posterior a Descartes, el intelectual holandés Vossius, tras la publicación de Discurso del Método de Descartes, estudia la Antoniana Margarita y afirma que Pereira es el primero en negar la sensibilidad de los animales para no tener que concederles el pensamiento. Olaus Borrichous, de la Universidad de Copenhague, comenta en una carta, publicada en 1667 del descrédito hacia Descartes por tomar de Pereira las ideas del automatismo animal.
El autor Pierre Bayle (1647-1706) es seguramente el escritor más influyente o malinfluyente sobre la obra de Pereira. Bayle conoció la obra de Descartes y en 1684 inició la publicación de una revista llamada "Nouvelles de la republique des Lettres" dedicada a la critica literaria. En ésta revista Bayle publicó que Descartes era el 1º filósofo que trataba a las bestias como puras maquinas, puesto que Gómez Pereira, que lo dijo antes, cayo en esta hipótesis por azar y apenas merece que se hable de ello. De ésta valoración tan baja, nace el olvido, desde la 2ª mitad del siglo XVII de la obra de Pereira, referente al automatismo animal o de las bestias. Llavona y Bandrés afirman que el debate sobre las ideas de Pereira se ensombreció por otro debate en el que Descartes se negó a reconocer al médico y filósofo español. Bayle afirmó que Pereira era amigo de Paradojas y abusaba de la libertad de filosofar, añadiendo bajas opiniones como que Gómez provenía de un pais donde peligraba la libertad del alma más que el cuerpo en Turquía. Bayle consideró la obra pereirana sin seguidores, que su libro Antoniana Margarita tuvo muy poco interés para que nadie se molestase en refutarlo. Añadió que Descartes no se inspiró en Pereira, y que a éste se le habían adelantado autores de la antigüedad clasica.
La versión de Bayle va a ser repetida de manera esteriotipada por autores, Dicionarios y encliclopedias. Ballet afirmó en 1691, que Descartes llegó a la tesis del automatismo animal por la necesidad de su sistema filosófico y que no copió a nadie. En 1751 el abate Yvon, en la enciclopedia Dierot y D·Alembert afirma que Pereira llegó a sus tesis por azar y no tuvo seguimiento. Lamentablemente la versión española del Diccionario de Moren, en 1753, sigue fielmente la versión de Bayle, Pereira tardo 30 años en escribir su obra, no tuvo eco y Descartes no la leyó.
Afortunadamente no todos los autores fueron despreciativos. En 1689 el obispo de Avanches PD Huet afirmó que Descartes usurpó a Pereira en el automatismo animal. Huet es autor de un tratado de censura de la doctrina cartesiana. Descartes negó el conocimiento de la obra de Pereira, llegando a decir que no la había visto nunca ni tenía necesidad de verla, y dirigió una carta en 1641 a su amigo el P. Marin Mersenne, cuyo objetivo era denfenderse de acusaciones de plagio provenientes de Huet, Cardoso y hasta Voltaire. 《No he visto Antoniana Margarita, ni tengo más necesidad de verla que las Tesis de Lovaina o el libro de Hansenius, pero me gustaría saber dónde encontrar una copia si creo que es necesario.
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